A Igreja (séc. XVII) do Convento dos Capuchos é composta por uma só nave que se inicia após o nartex (coro alto) situado na entrada. O altar, decorado logo a partir dos pré-altares, antes do arco triunfal, teria uma enorme riqueza de talha dourada. A completar a decoração, estariam os painéis de azulejo nas paredes da nave e os frescos da abóbada sobre o altar.

Ainda é possível observar alguns restos de fresco na abóbada do altar e as “sombras” dos painéis de azulejo nas paredes da nave.

A estrutura de madeira que sustenta todas as salas abobadadas do convento foi projetada pelo Arq. Victor Mestre e o Eng. Pedro Ribeiro segundo a técnica de treliça de uma estrutura de construção do séc. XVI.