O complexo fúnebre de Alferrara é composto por duas grutas artificiais ou hipogeus. Estas grutas teriam sido escavadas e utilizadas na deposição dos mortos pela comunidade de um povoado situado o topo nordeste da serra (Serra dos Gaiteiros). Remontam ao período calcolítico (pré-bronze), há sensivelmente 5000 anos. A presença de água justifica em parte a escolha do local para deposição dos mortos e assim continuar o ciclo da vida.

Como podem observar, durante a ocupação conventual foram construídas pequenas estruturas em torno das grutas que refletem a utilização deste local como local de culto pelos frades Franciscanos Capuchos. Na gruta situada mais a oeste é possível observar uma cruz escavada na rocha calcária.